Państwowa instytucja kultury powołana w 2008[1]. Muzeum zostało otwarte 23 marca 2017. Muzeum jest podległe i nadzorowane przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego.Podstawowym zadaniem Muzeum II Wojny światowej ma być upowszechnianie wiedzy o II wojnie światowej, ukazywanie polskiej perspektywy na największy konflikt w dziejach ludzkości, kultywowanie pamięci o ofiarach totalitarnych systemów i bohaterach walk o wolność wielu narodowości. W ramach prowadzonej przez Muzeum działalności wystawienniczej, naukowej, edukacyjnej promuje się Polskę jako kraj „strażnika pamięci” Europy i świata o latach 1939–1945, znający i honorujący wartość wolności i postaw obywatelskich

Muzeum zostało powołane 1 września 2008 zarządzeniem Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego pod nazwą Muzeum Westerplatte w Gdańsku.26 listopada 2008 minister kultury i dziedzictwa narodowego Bogdan Zdrojewski przemianował państwową instytucję kultury Muzeum Westerplatte na Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku.17 września 2019 przed muzeum odsłonięto pomnik Witolda Pileckiego, przedstawiający rotmistrza w mundurze i z czapką obozową w dłoni. Autorem postumentu, którego odlanie i ustawienie kosztowało 400 tys. zł, jest Maciej Jagodziński-Jagennmerr.Od początku lutego 2009 siedziba Muzeum II Wojny Światowej mieściła się w ciągu kamienic przy ul. Długiej 81/83 w Gdańsku. Siedziba ta miała mieć charakter tymczasowy i pełnić swoją funkcję do 2014, kiedy to planowane było oddanie do użytku nowoczesnego budynku muzealnego, zbudowanego przy ul. Wałowej, na terenie historycznej Wiadrowni oraz byłej pętli autobusowej, u zbiegu Kanału Raduni i Motławy, w pobliżu historycznego budynku Poczty Polskiej w Wolnym Mieście Gdańsku – jednego z miejsc, gdzie rozpoczęła się II wojna światowa.